Сканер - один з перших пристроїв, в комплекті з яким користувач став отримувати декілька програмних продуктів. Сумарна вартість цих додатків може первищувати вартість самого сканера.

Перше, що обов’язково йде в комплекті зі сканером, – це його Twain-драйвер. В середовищі DОS всі сканери працювали тільки зі своїми програмними додатками. Поява Windows повинна була б покласти край проблемам, які пов’язані із сумісністю сканерів і різних програмних забезпечень. Але Microsoft не додала сканери до списку пристроїв, що стандартно підтримуються Windows. Провідні виробники сканерів і програмного забезпечення утворили цей стандарт своїми силами, який назвали Twain, що не є абрівіатурою, хоча багато хто вважає, що Twain - це Tool Without Any Interesting Name, або “ інструмент без будь-якої цікавої назви ”.

Тепер стандарт Twain  підтримується всіма виробниками настільних сканерів та всіма провідними виробниками графічних пакетів та прграм, що розпізнають символи. Таким чином, вибравши Twain пристрій, користувач може напряму сканувати зі своєї  улюбленої графічної програми, запускаючи із неї Twain- драйвер  сканера.

Twain-драйвер - це програма з графічним інтерфейсом, яка виконує функції панелі керування сканером та передає від нього дані в програму, з якою працює оператор. За допомогою Twain-драйвера виконується встановлення параметрів та області сканування, попереднє сканування та перегляд, забезпечується можливість корекції кольорів, післяобробка отриманого зображення. Сьогодні, крім сканерів, Twain підтримується  також і цифровими камерами.

За допомогою графічного пакета виконується введення графічних зображень в комп’ютер. Зараз в комплекті із сканерами поставляються продукти таких фірм, як Adobe (Photoshop), Uled (Image Palsgo, IPhoto Express) , Micrografx (Picture Publisher) та деякі інші.

На даний час в Україні найбільш популярним є пакет Adobe Photoshop.   На західному ринку зростає популярність продуктів фірми Ulead. Inc., яка в наш час створила декілька цікавих програм для Web-дизайну. Українським користувачам достатньо добре знайомий пакет IPhoto Plus, простий у користуванні, компактний і який надає оператору всі необхідні можливості початкового редагування зображення. Нова модифікація IPhoto - програма IPhoto-Express має дуже красивий інтерфейс та, натиснувши одну кнопку, створює з відсканованого зображення календар чи Screen Saver. Програма PhotoImpact це потужний інструмент у світі графіки. Графічний пакет російською мовою представлено російською фірмою STOIK Software  (графічний пакет Picture Man).

Деякі планшетні пристрої, крім використання для сканування непрозорих оригіналів, можна використовувати для сканування прозорих плівок, слайдів, негативів, рентгенівських знімків  і т. і. Для цього використовується слайд-адаптер, який встановлюється замість кришки сканера і при скануванні плівок замінює лампу підсвічування на каретці (вона від’єднується) власним джерелом світла. На систему дзеркал в такому випадку потрапляє не відбите світло, а те, що пройшло через прозорий оригінал.

Для сканування більшого числа стандартних оригіналів (наприклад, бланків, візиток) сканер комплектується автоподавачем паперу. Автоподавач також встановлюється замість  кришки і при скануванні за його допомогою, оригінали протягуються механізмом подавання через лампу підсвічування: каретка при цьому не переміщується.

Найпоширенішим графічним форматом є формат PCX (*.PCX), який був розроблений фірмою ZSoft в 1984 році. Графічний формат файлів PCX виник як стандарт графічних зображень. Він підтримується широким діапазоном програм, наприклад, PC Paintbrush, Ventura Publisher і Pagemaker. Цей формат також підтримують всі сканери та  факсимільні плати. РСХ файли можуть бути чорно-білими, з палітрою в 256 кольорів, з 24-х бітовим поданням кольору (так званий мільйон кольорів: 16,7 млн. кольорів TrueColor), з палітрою в 256 відтінків сірого (Graf Scale), та з палітрою в 16 кольорів і 16 відтінків сірого (16 Color/Graf). Формат РСХ читає майже всі графічні редактори та програми перегляду (viewer). Фірмою Genus Microrprogramming (США) створено потужний пакет розробника графічних програм РСХ. Пакет програміста  РСХ  дозволяє розробникам створювати прикладні програми, які мають засоби показу, збереження, редагування, друкування та маніпуляції зображеннями формату РСХ. Зважаючи на те, що пакет підтримує 95% адаптерів дисплеїв і компіляторів, він може бути використаний в різноманітних областях - від показу заголовків, емблем програм (при початковому завантаженні) до створення інтерактивних відео- та демонстраційних програм. Формат РСХ  використовує компресію (стискання), яка називається груповим кодуванням. При зберіганні зображення воно стискається за допомогою підрахунку байтів, які повторюються.